DEA（麻薬取締り局）に勤めるジェーンとモーリーンは新種のドラッグを追ってクラブへと潜入する。人々が大勢集う中、麻薬の取引相手を確認し、モーリーンの制止も聞かずに逮捕に向かうジェーン。捜査官に気がついた男性三人は裏口から逃げ出す。ジェーンもすかさず追うが、何故か三人は全く同じ姿をしていた。幻想なのか...一番右にいた男性・アンドレは自分は捜査官で二人を追っていたという。誰か誰なのが全く判別できず、ジェーンはパニックに陥る。しかし中央に居た人物が動くのを影で察知し、すかさず銃弾を発射。更に左側にいた男性も動き出したので迷わず発砲した。署に確認するアンドレは本当に捜査官だった。しかし全く事情を語らず去っていくアンドレに不信感を覚えたジェーンはFBI内部のコンピュータから情報を引き出そうとする。しかしその目論見は外れ、現在担当中の捜査からも打ち切られる事になる。副署長曰く国防総省に睨まれているという。全く意味が分からずにいると、ジェーンの携帯にメールが入る。先程のアンドレから19時に屋上で会いたいというモノだった。

陸軍兵器庫に何者かが侵入する。すぐにガードの兵士が侵入者に向けて発砲する。手応えを感じたものの何故か現場に遺体が無い。ジェーンはアンドレに呼ばれると今回の標的が告げられる。軍の弾薬を盗もうとした男。監視カメラの映像を見ると撃たれているのに死亡していない事に驚くと共に、現場には一滴の血も流れておらず、ニューロ以外の何者でもないという。過去に同様の事件が二件有り、アンドレの予測したところでは武器か監視装置を狙って犯行を繰り返しているという。2週間前に現れた男性は、ファーリントン建設に侵入した事が発覚しており、WCビルの設計会社であることから、3日後のオープンの為の式典に大統領が来ることを狙って犯行に及ぶのではないかと推測する。

ユニティ鉄道の運転手は、何故か速度制限に関するシステム操作を忘れてしまい限界速度である110km/hを越えて脱線を引き起こしてしまう。運転手のやりとりのVTRを手に入れたチームの構成員たちはニューロの存在を疑う。
セスによると仕事の核心部分を思い出せないという患者が来た事があるとしてその人物に接触を図る。エドガー・ドーソンという電子制御システムを開発したエンジニアという事もあり、ライリーを同行させて話を聞く。確かに重要な部分の記憶だけが欠落していた。記憶を失う前にあった人物を尋ねるが全く覚えていないという。鉄道会社に恨みのあるものの犯行なのか?
そんな中、今度はホームレスの一人で突然医師としての専門知識を披露し倒れた男性を救う人物が現れる。

現在よりも3日後の土曜日、トスローナ社の工場跡地で犯人を捕まえる為に作戦行動を起こす。しかしそんな行動を逐一監視しライフルの照準を当てるのは犯人のイーサン。そして隙を見せた瞬間、犯人はコナーを撃ち殺し、モーリーンを撃ち殺し、アンドレを撃ち殺す。それを確認すると彼はその場を立ち去ろうとする。赤い扉の前でジェーンが彼の前に立ちはだかり、銃口を向けて発砲する。
水曜日、ジェーンは元同僚のブライアンとデート。食事に向かう途中に突如雨に降られて、二人は雨宿りのために店に入る。そこはビンゴを嗜む場所。取りあえずトイレに行くジェーンは彼女宛の手紙を発見する。その手紙の中には、動画ファイルと共に手紙が入っていた。今から三日後に仲間の三人が亡くなるという。すぐに本部に戻りパソコンで動画を調べると男性から三日後に何が起こるのかが説明される。キミなら未来を変えられるかも知れないというが・・・

豪邸の中で女性が休んでいた所、壁から血が流れ落ちる幻覚を見て怯え出す。外で待機していたFBIの職員たちは中での騒ぎを聞きつけ集まってくる。ここは4年前にFBIが証人保護施設として購入した場所だった。しかし何度もハプニングが起こり、証人数名が神経衰弱を起こしていたのである。しかし不思議なことに屋敷を出た途端に症状は回復する。モアランド上院議員はその報告を受け、FBIがマインドコントロールをしているのではないかと非難。
それを聞いたアンドレら組織の者達はニューロの存在を疑う。ニューロの仕業ならば必ず近くに人が居るはずだとして、屋敷の周辺も警備する中、屋敷の内部を調べていたジェーンは幻覚を見て恐れた表情を見せる。アンドレは何か意味のある光景だったのではないかとしてジェーンに話しを聞こうとするも、彼女は話すことを拒否。それならばとしてアンドレはジェーンを現場から外す。そんな中セキュリティを仕掛けて侵入者の存在を追っていたライリーは衛星で侵入者を撮影する事に成功する。
写真に映っていたのはアナ・ロブソンという女性。アナの夫・カールは過去に車を盗んだ罪でつかまったことがある。そんな中、実際にアナが屋敷に侵入し捕まる。彼女は夫のカールがFBIにこの施設に連れてこられて以来、出てきていないとして彼の消息を追っていた。

雨の日の夜、オフィスで清掃員の男性が異様な行動を起こす社員の一人を見つける。調べてみると最近同様の行動を起こしている人物が何人か居る事が判明。それら人物に共通するのは、近くにある家具を高くに積み上げ、小窓から逃げようとする行動を見せる事。それぞれの人物に事情を聞くと、低い軋む様な音が聞いたという。恐くて外に出たい衝動に駆られる事、狭くて寒い場所。光や花や黄色いレインハットが見えたというのだった。
ニューロによる仕業なのか。ジェーンはその日の夜、母親が男性に襲われる夢を見る。被害者の話にある様なキーワードとなるアイテムが夢の中に出てきたことから、今回のニューロは悪夢を伝染させていくものではないかと推察する。

モーリーンはトムという男性とスカイバーで楽しむ。仕事柄モーリーンは職業のことなど秘密にしていた。トムから週末一緒に出掛けようと誘われるが断る。
トムはドリンクのお代わりをもらいに行こうと席を立つと、そのまま何の躊躇も無くビルの上から飛び降りてしまう。モーリーンは本部に戻り、この事実をアンドレに伝える。全く自殺願望など無かった男性が突如飛び降りてしまった事。もしかするとニューロが悪さしたのではないかとするが、畑違いのケースだとしてモーリーンの言うことを取り上げないアンドレ。念のために店の監視映像を見る仲間達。
トムの事を調べるライリーは有ることに気がつく。トムは粗も傷も存在しない完璧な人生を送ってきている。まるで作られた様な経歴・・・証人保護プログラムを受けている人物だと発覚。元々トムは25歳・ジーン・クローリーという人物で会計士だった。妻殺しの罪で服役する所だったが、司法取引により保護を受けた人物だと分かる。
更にマイケル・バルガという人物が亡くなる。彼も証人保護プログラムを受けている人物だった。調べていく内に次々と殺されているのを知る。

ジェーンはその夜、ライリーを連れてモーリーンの知人であるタトゥーアーティストの店で飲み明かす。ライリーは泥酔し足取りも覚束無い状況の中、ジェーンと一緒のタクシーで帰宅する。しかし翌朝ジェーンが目が覚めたのは病院のベッドの上だった。しかも拘束具で手足を縛られていた。看護師のシェリー、そして医師のジェイコブが彼女の元を訪れる。何故この様な状況になっているのか尋ねるジェーン。治療中で有るのでその副作用が出て記憶がないのも想定内だと言われる。自分たちは味方だというジェイコブ。必ず説明責任は果たすと言われ、取りあえず現在は鎮静剤の作用が収まるまで大人しくしていろと言われる。
ジェーンはなんとか部屋を抜けだし、病院の外にいたセスの姿を見かける。近寄って話しかけると、昨晩ジェーンはライリーの事を殺害したのだと聞かされる。再び病室に戻されたジェーン。アンドレやコナーがやってくるもジェーンがニューロだという事を聞かされる。

6件もの連続放火を働き世間を賑わせていた犯人がついに捕まる。法廷の証言台に立つ警察官は当時の状況を克明に語り出す。現場にいる被告が逃げる姿を見て足に発砲し捕まえたという。6件目の被害者になったのはサミュエルズ邸。不思議なことに出火元がトイレという珍しいケースで、出火原因については判明していないという。しかし焼け焦げた人間がトイレに居たことからそれが出火元になったという。なんと被告台に立つのは、元警察官で前科のある男性・コナー・キングだった。

ファッションハウスでのショー。
突然舞台上でシャノンが崩れ落ちる。すぐに救急の者がやってくるがシャノンの姿を見て愕然とする。なんと19歳のモデルが 突然老化しているのである。
一方ジェーンは腕にアザが残る姿を目にする。打たれても死なない体なのに何故アザが残るのか。セスの元に検査に行くと、精神的なものが要因ではないかという。暫く休養を取るべきだと告げられる。

連絡のないコナーの家に迎えに行くジェーン。がさつな感じのするコナーの家は汚れているだろうという先入観が有ったが、意外にも部屋は綺麗だった。
ガレージに居たコナーはバイクの修理。9ヶ月前から行っているという。
コナーの腕には包帯がしてある。理由を聞くと朝にコーヒーメーカーで火傷したのだという。するとコナーは次の瞬間修理しているはずのバイクが動き出し、コナーの足は引き込まれそうになる。なんとかジェーンが接続を外したためにエンジンに巻き込まれることはなかったが・・・
ジェーンらはアンドレに呼び出され、ニューロの少年を検挙しにいく。
超音波を発するニューロ故に困難を極めたが、なんとかカプセルを埋め込むことに成功する。現場を調査しているとき突然防火扉の滑車が動き出して思わずコナーは引かれそうになる。何故コナーが狙われるのか。ジェーンはアンドレにその事実を伝え、コナーの過去に何らかの関わり合いがあるのではないかとしてライリーにコナーの過去を調べさせる。

人口3600人のフェアオークスで犯罪者0%という平和な街。住民のみんなが街のケーブル局を見ていて、町長や保安官たちの言葉に耳を傾ける。FBIのキアニー捜査官はこの日、スーザン・ショウの失踪に関して調査するためにマイヤーズ家を訪れていた。誰にも知られずに街を出たというスーザンだが、ジェニファーの元に6回の通話記録があり、ジェニファーの携帯からも電話した跡がある。その事を告げるとスーザンは顔色も変えずにキアニー捜査官を撃ち殺す。夫・ジャックが帰宅するが、死体を目の前にしても何の驚きもなく、掃除人に処理して貰おうとするだけ。捜査官が失踪したことでアンドレはこの町のニューロとの関連 を疑うようになる。

サウスサイドの宝飾店に強盗が入る。警備員が駆けつけ犯人に銃を向けるが、どういうことか銃は勝手に手から離れて、警備員も独りでに壁に吹き飛ばされる。ジェーンらが駆けつけその光景を目撃した彼女たちは慎重に容疑者を確保しようとするが、次の瞬間何処からか銃声が鳴り響き、男は殺される。男の名はフランク・ディアンジェロ。血液検査の結果、彼はニューロではないという。新種のニューロなのか?
更に別の資料を見ていたライリーは驚くべきものを目にする。4ヶ月前、ホテルの金庫が勝手に開いて4万ドル相当の貴金属を盗まれた事件。ライリーが熱感知システムを使って映像を解析した結果、人の目には見えないが確かに透明人間が貴金属を盗んでいく姿が映されていたのである。透明人間では調べようが無い。
そんな中第三の事件が発生。ジョン・ファーガソンという男性がこの透明人間らしき男に喉を掻ききられて亡くなったのである。通話記録からアーリーン・ウェッジの存在が浮上し接触を試みようとするが彼女も殺害されていた。

マジック・パレスには新人マジシャンたちが、協会に入るべく選考会を受ける。選考会のルールは装置を使った大々的な仕掛けのマジックは禁止という、マジシャンにとって純粋な腕試しの場。そこにライリーもマジックを見せにやってくる。近くにいたマジシャンのハウィは自分は浮遊の術を見せるという。仕掛け無しでは無理だろうと思っていたが、判定員の前でアシスタントのマーシャの事を大々的に浮遊させて見せる。
ライリーは組織に戻るとジェーンらにその事実を告げニューロの存在ではないかと告げる。しかしアンドレたちは全く信用しようとせず、別件のニューロの捜索を優先しろと告げられる。ライリーは一人で証拠集めのためにハウィの自宅を捜索する。

トライステート銀行でニューロが来るのを張り込む組織の捜査官たち。なんと相手は透明になることが出来るニューロだったが微妙な雰囲気を感じ取ってコナーがチップを埋め込む事に成功した。連行するために車に乗せるも、街道を走る車のエンジンに異変を生じる。ブレーキも利かなくなることから、コナーは咄嗟に草原地帯に入り車を止める。その混乱に乗じて確保したニューロが逃げようとしたためにコナーは射殺する。
車のエンジンが溶け出したのはどういうことなのか?ニューロに対するチップが利いていなかったのか?セスがニューロの組織検査を行うも極普通のニューロであり一人が複数の能力を持つ変異体と考えるのは早急だという。
一方組織では更に神経組織をマヒさせることの出来るニューロの一人・ジェニファーの姿を追っていた。携帯電話を使った事でライリーは居場所を特定する。相手は神経マヒをさせるニューロな為に遠隔地からチップを打ち込もうと作戦を立てる。いざ作戦を実行しようとする時、またしてもニューロらしき力が発生し、コナーの腹部に銛が刺さり、近づいてきたアンドレにも爆発が発生する。

ジェーンが帰宅すると部屋にはブライアンが居た。中に入ろうとするが何故かブライアンは彼女のことを不審な目で見つめる。なんとブライアンには妻子が居た。追い出されるジェーンはその足で地下鉄の基地へと向かうが何処か様子がおかしい。ジョーに話しかけると突然銃を突きつけられる。その時アンドレから電話が鳴り、相手はNICOを閉鎖し我々の痕跡を消そうとしている事を告げられる。ジョーは洗脳されておりコナーは殺害されたという。ジェーンも狙われているので気をつけろと言う。電話していたアンドレも何者かに襲われて亡くなってしまう。ジェーンはなんとか自分たちの痕跡を残さねばならないと考える。そこでかつて出会ったサイモンの事を思い出し彼の元へといく。

朝6:30分。
母リリアンから電話を受けるフィルは、彼女から中国外交官のザン・クァンの殺害を必ず成し遂げろと告げられる。同時刻、ジェーンはアンドレからの電話で目が覚める。7時から会議があるので出社するよう告げられる。コナーとライリーに連絡しろと言われるもコナーには電話が通じず。秘密基地へといくと、ジョーは配線の整備をして火花を吹かしている中、ライリーとコナーもやってくる。走行する車が雨水を跳ねてそれを浴びてしまったライリー。コナーは隣人の車の修理を手伝っていたのだという。アンドレからは今回のニューロの件で報告がある。中国外交官が訪米中でその警備計画を立てていたFBIがニューロの存在を見つけたという。
恐らく目的は中国外交官の殺害。既に居場所も突きとめており、急いで現場に向かうことになる。

組織でも仕事が一段落ついた時を見計らい休暇が取られることになる。セスは学会のセミナーに出席すると言うが持っているのは釣りの道具。ジェーンの休暇はブライアンとバカンスを楽しむはずが、彼が急に仕事が入ったため一人読書でもして過ごすという。コナーは家でバイクのメンテナンス。ライリーは全てのPCのバックアップを終えて電源を落とすが、一瞬切れた後、再び電源が入る。ハッカーによる侵入が疑われたが、原因はニューロの一人・サイモンが自宅から出たことを警告してきたのである。すぐにジェーン、アンドレ、コナーはGPSを頼りにサイモンを追跡する。単独で行動するジェーンがいち早くサイモンの元にたどり着くと彼は墓場の前で一人座っていた。彼はジェーンに話があると言い、サイモンは彼を信じて能力を封じるためのカプセルを打ち込まなかったジェーンに対するお礼をするという。お礼の品・・・それは真実だという。サイモンの手に触れると過去の映像が蘇ってくる。ボノテック社の窓から落ちる前に、何者かに薬を打たれていた事実。その映像を見せ終わるとサイモンは"仲間にされる、彼らの一員に・・"と告げ息を引き取るのだった。

全員が揃ったときアンドレは次なるミッションを発表する。ハンガリーでNICOの収容者6名が脱走を図ったという。NICOの施設側はその事実を隠蔽しているためにアンドレらが主導でこの一件を処理し適切な対処を行うという。一同ブタペストへ飛ぶことになる。
その頃ブタペストのNICOの施設ではアームストロング所長がニューロの一人・ジェイコブによって殺害される。彼はニューロの一人で変身する能力を持っていた。アンドレらが到着した際にもジェコブは所長に成り済まして対応を行うことになる。施設内をフィリップス医師から案内される。施設は主に四段階に分かれており、イエローエリアは比較的警備の軽いエリア、ブルーエリアは研究室と避難所になっているという。レッドエリアは反社会的な患者を抱え込んでおり、グリーンエリアは管理棟で有りニューロ患者は居ないという。監視カメラの映像も見ても出入り口は決して破られていなかった。地下トンネルが存在しており、3km先の修道院に繋がっている。しかし既にトンネルは閉鎖されており、そこを打ち破った跡も無かった。修道院に行きトンネルを調べに行く間に、ライリーは脱走したニューロのリストを入手する。ジェイコブを筆頭に、ウィリアムズ、マリリン・スミス、ビル・デイビス、T・サンプソン、ロジャー・ハンリーの6名。それと同時に近所で強盗が発生しており、大型ドリル、C4爆弾、銃と弾薬が盗まれている事を知る。

ハンガリー・ボルナール。
コナーは酒場で出会った大柄の男性・ホルバスと酒を賭けてダーツで勝負する。ホルバスの巧さにコナーは負け続ける。そんな中、突然町中に鐘が鳴り響く。それを合図に店員たちは店中のドアを閉めてしまう。何が起こっているのか話しを聞くとボルナールには8時から9時の間に獣が出るという。怪物が出ては人や動物を襲うとして恐れられていた。退治しに出た者は必ず殺されるのだという。
コナーの元に仕事の電話が鳴り仕方なく戻ることになる。今は外に出ない方が良いと言われるもコナーは大丈夫だとして外に出る。すると外は一人もおらず、異様な雰囲気が漂う中得体の知れないものに襲われる。銃で応戦するも効果無し。正体は見えず退治しようもなかった。コナーは命からがらNICOの施設に戻り事情を語る。単なる伝説ではないのか?とアンドレらは半信半疑。ニューロにしても北米以外では出没した例も無いことから、何とも言いようがなかった。施設で異常はなく、取りあえず現場検証をすることになる。血痕を探して回るも何もない。そこに地元の保安官・ファルカシュが声を掛けに来る。彼も4年前に保安官に就任するときに町を守ることを公言した手前、アンドレらが退治しようとするのに歓迎の意を表し、協力するという。ライリーは町中にセンサーを張り巡らし、怪物が出るという8時を待つことにする。すると保安官が襲われ亡くなる。

アンドレはNICOの施設内で女性・サラに呼び止められる。サラはニューロの一人。かつてアンドレによって捕まった人である。もう私は壁抜けはしていないこと。そして貴方のことは恨んでいないと言う。その様子を見てジェーンは不思議に思いコナーに二人の関係を尋ねる。しかし彼は忘れろとしか言わなかった。アンドレは足繁くサラの元に通う。サラはあの時は悪いと知りつつも能力を使ってしまったと後悔していた。ここに来てまともな生活を取り戻したという。
そんな中、国家安全保障局の首席事務官のチュメリックが殺害される。遺体は奇妙な死に方をしており、内臓が外傷もなくえぐり取られていたのである。その事実をテレビの報道で知ったサラは夢に見た人が殺害されたとしてパニックに陥る。殺したのは私だという彼女。保障局では警報装置は発動したが、出入り口には誰も通った形跡がないという。サラには壁を抜けられる能力がある。そしてサラ自身の証言から詳しく調べることになるが、体内のチップは正常に働き、ニューロが施設内から出た形跡もなかった。
更に税関倉庫でトーマス医師が行方不明になる事件が発生する。監視カメラの映像にはサラらしき人物が写っており、サラを疑うがサラには歴としたアリバイが存在していた。
アンドレはサラに話しを聞く。すると夢は幼いときから見ていたという。自分がしていることを外側から見ている様で、常に何かを探している。まるで自分の一部が失われている様な感覚に陥るという。ここに来て暫く夢は見ていなかったが、二、三ヶ月前から再び夢を見始めたとの事。昨晩見た夢は、白い白衣を着た男性を尋問する夢。林の奥の噴水のような場面が見えたという。アンドレたちはトーマス医師の消息を探るために携帯電話の信号を追ってみる。すると森の奥にトーマスの乗った車が放置してあり、更に奥にはトーマスの遺体が横たわっていた。しかもそれは噴水が近くに置いてあった。

NICOで前所長が殺害されたことで、新所長ハミルトンが就任。
もうすぐアメリカへ帰国することになるメンバーたちだが、突然施設で問題が起こり始める。オフィスに連絡を取ろうとしているライリーとアンドレだがこの二日全く通信出来ずにいた。緊急時のコードを使い連絡を取ろうとするが、なんと組織自体が既に無くなっており、アンドレが探しているモーガンという人物自体がそもそも存在しない事になっていた。そんな中、所長の元に行くアンドレは施設内で異変が行っている事に気がつく。所長や警備が殺害されており、施設自体の電源が切られてしまったのである。すぐにライリーが予備電源を発動し警備システムを手動に切り替えて全館を閉鎖させるも電源のショートによって最も危険なニューロが収監されている"レッド"の独房が4つ以上開いていたのである。すぐに警備に連絡を取るも中のニューロは外へと飛び出していた。
すぐにコナーやジェーンら連絡するも、コナーは電源がショートしたことでエレベーター内に閉じこめられ、ジェーンはアンドレたちと合流するためにやってくるも、扉が閉鎖されていて4階にある司令室にはたどり着くことが出来ない。コナーは自力でエレベーターを脱出しアンドレらと合流しようとしていたときに4人のレッドから脱出したニューロと遭遇する。なんとか一人を殺害して逃げる。
そんな中ジェーンとの交信が一時的に不通になる。コナーはアンドレらと合流し現状を報告する。脱走したニューロたちは、警備員を殺害し記録の全てを燃やして、ここの存在を消し去ろうとしている。今回の黒幕の正体は再びニューロを世に放とうとしているのだと推察する。取りあえず二階には電磁バリアで囲まれた緊急避難室が有るためアンドレらはそこに非難し司令室にする事になる。