ザイバッハ帝国と同盟を交わす事となったアストリア王国。
ザイバッハ帝国に刃向かったアレンは投獄されるが、ミラーナの手引きにより脱獄に成功する。
一方ひとみとバァンは、ザイバッハ帝国のエナジスト鉱山に奇襲をかけるのだが...。

ひとみを地割れから救ったのは、純白の翼をはやしたバァンであった。
その姿は、かつてひとみが幻視したビジョンそのもの。
彼の生い立ちに纏わる話を聞きながら、不思議な絆を意識するひとみ。
しかし、平穏な一時も束の間、ディランドゥが迫る。

フレイド公国に着いた一行は、シド王子の歓迎を受ける。ザイバッハの魔手が公国に迫りつつることを伝える一行に、シドは捕虜にしたミゲルを尋問し真相を探るよう家臣に命じる。だがその頃、秘密が漏れることを懸念したフォルケンは公国に刺客を放つ。

フレイド公国で、バァンたちは反逆者の嫌疑をかけられ監禁されてしまう。
一方、高僧プラクトゥに化けたまやかし人ゾンギは、ひとみの秘密を聞き出すため、彼女の尋問を開始する。
ゾンギの正体を見破るひとみだったが...。

無実の罪を晴らすことが出来たひとみたちは、フレイド公王と対面した。
アストリア王国に戻れなくなったアレンは、ミラーナのとりなしによりフレイド公国に仕えることになった。
そしてフレイド公国はザイバッハ帝国に対して臨戦体制をとるのだった。

ザイバッハ帝国の大攻勢に、フレイド公国の王宮は陥落した。
王宮を脱出したひとみたちは、公王と共にフォルトナ大寺院で篭城する。
ついにフレイド公国が守り続けてきた封印が、ザイバッハ帝国によって解かれてようとしていた。

フレイド公国での戦いで瀕死の重傷を負ったバァンは、生死の境を彷徨っていた。
ひとみは、エスカフローネとバァンが同調していることに気づくが、何もできないまま時が過ぎていく...。
そんな折、ひとみたちはアストリアの商船団に乗ったミラーナの婚約者ドライデンと出会う。

死の世界から何とか生還したものの、深層意識に植え付けられた恐怖により、剣を振るえなくなってしまっていたバァン。
そこへザイバッハ帝国の金銀２体のガイメレフが奇襲を仕掛けてきた。
バァンはエスカフローネで迎え撃つが、未だに拭えぬ恐怖感から窮地に陥ってしまう。

一連の出来事に伴う数々の謎を解くため、アレンの父レオンの手記を頼りに幻の谷に向うことにした一行。
手記によって、彼が幻の谷究明に没頭したきっかけを知ったひとみは、運命のいたずらに困惑する。

古代アトランティスの街並みが拡がる幻の谷。それは、かつてひとみが死の淵で目撃したビジョンそのものだった。
死者の想いが交錯する空間で、一行はガイア界創生の謎を知ることになる。

ひとみ、バァン、アレンは光の柱に導かれ、ザイバッハ帝国の皇帝ドルンカークのもとへ転移した。
ドルンカークは、自身の数奇な出自と、民のために運命改変装置で運命を自由に操作する計画について語る。

ひとみとバァンの心を引き離し、エスカフローネの力を衰退させなければ目的を成就できないと知ったザイバッハ帝国皇帝ドルンカーク。ひとみとアレンを運命改変装置によって結びつける作戦が、今、実行される。

ひとみは、ミラーナの頼みでドライデンとの結婚を占うことになったが、その結果は最悪。
だが、アレンとの仲を壊されたくないひとみは、そこに出た幸運のカードに願いを託し、偽りの結果をミラーナに教えてしまう。

ザイバッハ帝国の幸運強化兵ナリア、エリヤ姉妹の要求に応じ、自ら名乗り出たひとみ。
バァンはエスカフローネを駆り、さらわれたひとみを追う。
ナリアの体の傷と哀しい過去を知ったひとみは、身を引くように説得をするが...。

ナリア、エリヤを失い、ドルンカークのやり方に疑念を抱き始めていたフォルケンは、バァンをファーネリアに呼び出す。
今や廃墟と化した故国で対峙する兄弟。そこに突如現れ、バァンに襲いかかる地竜！果たしてフォルケンの真意とは？

フォルケンの亡命を契機に、アストリアは周辺諸国と軍事同盟を結び、ザイバッハ帝国との臨戦体制をとっていた。
出陣を前に各国の船団が集結する港に突如真紅の新型ガイメレフ、オレアデスが奇襲をかけてきた。

突如出現した光の柱によって、ガイアに転移する前日の地球に戻って来たひとみ。
明日、天野に告白すれば、同じように再びガイアへ行くことになるだろう。
だが、告白しなければ、このまま地球にとどまることができる。
思い悩みながら、ひとみが辿り着いた答えは？

アストリア同盟軍とザイバッハ帝国の、決戦の火蓋がついに切って落された。
戦場で熾烈な戦いが繰り広げられている頃、ひとみは戦いの元凶であるドルンカークとの
決着を望むフォルケンと共に、ドルンカークの元へと赴く。

ついにドルンカーク皇帝の悲願である絶対幸運圏が発動した。
ところがザイバッハが敗退したにも関わらず、今度は同盟軍同士が血で血を洗う激戦を始めるのだった。
この戦いを終わらせることは出来るのか？ひとみの想いは届くのか...？