AD　2031年―。
繁栄を続ける人類の前に、「ハーディアン」と呼ばれる未知の変異生物が確認された。
それから20年。
その存在に気付いた者達により結成された国際防衛組織"N.I.D.F."（Neo International Defence Force）は、
燻 京香総司令を中心に、戦闘機ヴァイパーの開発をはじめ、人類の英知を結集させた数々の兵器を拡充し、
来るべき"その時"に備えていた･･･。
パイロット候補の哀羽シュウ達は、日々その目撃数が増す「ハーディアン」の調査、
そしてその出現に何らかの関係を持つと言う遺物「死者の書」の調査を進めていた。
そして、ついに"その時"が人類に訪れる･･･！！！

突如、世界中でハーディアンの総攻撃を受けた人類。
世界各地で想像を絶する激戦が繰り広げられていた。
その激しい戦闘の最中、由乃は自分を救うために傷付いた哀羽シュウに、
調査のために所持していた伝承の遺物「死者の書」の力を与える。
人智を超えた強大な力に、その身をよじる哀羽シュウ！
一命を取り留めた哀羽シュウと由乃に、七生、そして亜久里たちが合流する。
そして最後に現れたのは、哀羽シュウに銃口を向けるリーダーの狼騎だった...。
一方、由乃の行動を知ったN.I.D.F.の燻総司令は、人類に残された更なる手段を模索し始める...。

由乃に与えられた「死者の書」の力に翻弄される哀羽シュウ。
その力はハーディアンの攻撃を退け、シュウ達を生き延びさせることが出来た...。
しかし、力により"伝承者"と化したシュウの姿に、狼騎たちは恐怖する...！
その頃、ハーディアンの攻撃により分断された人類は、各地に点在する生存部隊よりの情報から
敵群の中枢部を確認し、抗戦の準備を整え始める。
翌朝に迫った一斉攻撃を前に、N.I.D.F.も残存戦力となるコクピットアーマーを中心に、準備を進める。
未だ、自分が手にした力に戸惑うシュウに、七生の言葉が突き刺さる！

人類とハーディアンとの総力戦から半年が過ぎた...。
激しく荒廃した世界の中で、いき乗った人類は生存の道を探っていた...。
そんな中、N.I.D.F.の仲間達とはぐれたシュウは、砂漠の町"ルクソール"で
ハーディアンに襲われる２人の少女・乃亜とイエラと出会う。
シュウがN.I.D.F.の生き残りと聞き、驚く２人。
だが、シュウの"伝承者"としての姿に驚きを隠せない...。
甲虫型のハーディアンに追われた３人は、砂漠の下に伸びる地下遺跡へと逃げ込む。
その迷宮の中で、シュウは新たな力と出会う！

シュウは、ルクソールで出会った少女・乃亜が、恋人の由乃の妹であることを知る。
そして戦いの中で、散っていった姉を悲しみ嘆く乃亜。
そしてその裏に隠れされた「死者の書」を巡るかつての仲間の陰謀に、シュウの怒りは激しさを増していく。
その頃、わずかに生き残った人々が集う乃亜の住む村は、日々続くハーディアンの執拗な攻撃に、
新たな生存者達を求めての移動か、徹底抗戦を行うべきか、村民を二分しての決断に迫られていた...。
そして村民に、イエラがシュウの力を信じて、ある提案をする...！

村を離れたシュウは、乃亜、そしてイエラと共に戦いの旅を続けていた。
出会う人々は、その人智を超えた力を振りかざすシュウの姿を恐れた。
そしてその力は、不思議な少女をシュウに見せるが、その姿が見えない乃亜達には奇異な目で見られてしまう。
そんな状況にシュウは、人間と"伝承者"との狭間の存在を悩み始めていた...。
そんなある日、シュウはハーディアンから助けた男より、
自分と同じN.I.D.F.を着た人物がいたとの話を聞き、海辺の町サルファハーンへと向かう...。

サルファハーンで、亜久里との悲しい再会と別れをしたシュウ。
かつてのN.I.D.F.の仲間との出会いは、シュウにN.I.D.F.配属当時の仲間達、
そして恋人・由乃との思い出をフラッシュバックさせていた...。
その頃、ハーディアンからの目を逃れるようにN.I.D.F.の潜水艦に、
京香と真崎、そして玲が潜んでいた。
シュウと亜久里の再会を知り得ていた京香は、
"死者の書"がもたらす
新たな"転生者"の出現を、真崎に伝える...。

数少ない生存者が、レジスタンスとして立てこもる要塞。
そこは今夜も、ハーディアン達の攻撃を受けていた。
冥蟲ベルゼブの群が迫ったその時、人々が「ネクロダイバー」の名を呼ぶと、
1人の男がその手に大きな鉤爪を振り下ろした！
それは、"伝承者"の力を受け継いだ者の容姿をした、狼騎であった。
一方、ハーディアンに襲われる夫婦を助けたシュウは妻を救われた夫より、
自分と同じようにあちこちでハーディアンと戦う別の"救世主"と勘違いされて驚く。
しもべのヴァルダは「伝承者は一人...」と、その存在を否定するが...。

廃墟の町でシュウ達は、傷だらけの少年・カズキと出会う。
N.I.D.F.の制服を見て反応するカズキを見て、シュウは更なるメンバーの生存に期待する。
そんなシュウ達に、新たなハーディアンが襲い掛かる・・・！
自ら先導したハーディアンとの先の戦いで、大事な仲間達を失ってしまった狼騎は、
自らの愚かさと、その体に取り込まれたハーディアンの本能に恐れおののく。
そんな狼騎に、玲は"本物の伝承者"であるシュウを倒すよう、囁くのであった。

ハーディアンとの戦いを潜り抜けてきたシュウ達は、自分と同じように化け物を倒す力を持つ"ガルナザル"という人物を探して、
ハーディアンが巣食うという山を越える旅路を進めていた。

その頃、シュウの仲間であった冬音は、雪原の中を彷徨ううちに行き倒れ、親切な人々に介抱されていた。
暫くして、意識を取り戻した冬音が見たのは、介抱された人々の変わり果てた姿。
混乱する冬音は、一人取り残された少女を連れてその場を逃げ出す。
死んだ妹の面影を持つ少女に、冬音は"鈴音（りんね）"という同じ名前を与えるのであった・・・。

ガルナザルを探して、ついに目的の町にたどり着いたシュウ達。
その荒れ果てた町で、ハーディアンに対抗して戦っていたガルナザルと出会ったシュウは、
彼の目的がこの地方に異常気象を引き起こしているハーディアンを倒す事にあると知る。
ガルナザルに興味を抱いたシュウは、共に戦いたいと申し出る。
暫しの休息を迎えたシュウ達は、町の中で冬音とはぐれていた少女・鈴音と出会い、
ハーディアンとの戦いのため、彼女を連れてガルナザルの戦艦・サラディン号へと乗り込む！

新たな街にたどり着いたシュウ達。
その街は被害が少ないのに、なぜか住人はその街を捨てて逃げ出す準備を進めていた。
シュウ達は、そこでハーディアンによる人間狩りが行われている事を知る。
イエラは被害を食い止めるため、ハーディアンの巣への攻撃を提案するが、
シュウは３人のしもべたちが探り当てた燻京香の居場所へ向かおうとする。
意見が対立したシュウは、イエラ、乃亜と別れて行動をとる。
やむなくシュウとは別行動を取った乃亜達が向かう先には、恐るべきハーディアンの影が･･･！

荒野で、街を捨てた住人達と再会したシュウは、人々から乃亜とイエラがハーディアンの巣に向かったと聞かされて動揺する。
一方、ハーディアンの巣に連れ込まれていたイエラは、そこに無数の休眠状態のハーディアンが存在していることを知る･･･！
その時、突如、太陽が欠け始め、日食が始まる。周囲が暗くなったため、繭の姿で休止していたハーディアン達が活動を再開し、シュウ、そして人々を襲い始める。 その戦いの中、シュウは変わらぬ正義の心で立ち向かうかつての同僚に出会う！

目覚めると、そこはN.I.D.Fの訓練施設。冬音、亜久里、狼騎、樹、七生ら同じＮＥＳ隊に所属する同僚達の変わらない友情に囲まれ、今日も訓練に励むシュウ。ただ、最近由乃は研究に忙しく、なかなかデートの時間も取れないのがちょっと残念。
施設には見習い扱いで乃亜、イエラも厨房に入っていた。――あれ、何か変だよな。オレは確か･･･。

ひょんな事で、シュウが手に入れたペンダントのパーツ。それがN.I.D.Fのメンバーを混乱のるつぼに陥れる･･･！
果たしてここは？　そしてこれは現実？！

廃墟の街での巨大ハーディアンとの戦闘。敵の圧倒的な力に防戦一方のシュウたち。
しかし、戦闘の最中、ハーディアンはいきなり苦しみだし、地中へと逃げ出す。
突然の状況が理解できないシュウ達。そこに、巨大なスピーカーを搭載した車両が現れた。
シュウ達を救ったのは、世界崩壊から生き延びた科学者達が作りだした、
対ハーディアン音波装置、通称"アフラーシステム"だった。
かつて"竜宮城"と呼ばれていたN.I.D.Fの海底基地を拠点に、人類が秘密裏に進めていた対ハーディアン戦の切り札である。
人類反撃の希望に胸踊る乃亜とイエラ。開発者の一人に、研究を手伝って欲しいと依頼される乃亜。
果たして、乃亜が選んだ決断とは･･･！？

科学者達が開発した対ハーディアン用音波兵器"アフラーシステム"は成果を発揮し、反撃に向けて量産の準備を整えつつあった。
一方、シュウは燻司令を追って、しもべ達と共に旅を続けていた。その最中、シュウに響く救けを求める叫び･･･。

新たな戦いの幕が上がる！その頃、イエラ達が守る音波兵器の工場に、ハーディアンの攻撃が開始された･･･！
すぐさまアフラーシステムを起動するが、巨大なハーディアンを簡単には倒せない。
激しい戦闘の中、イエラと乃亜に無数のベルゼブ達が襲いかかる！　さらに炎の中から別な敵が･･･！？

音波兵器を手にした後も、執拗にハーディアンの攻撃は続いていた。
アフラーシステムの量産ラインを確立しようと、廃工場に立てこもる乃亜とイエラ達。
襲い来るハーディアンとベルゼブの襲撃から、必死に工場を守る２人！
一方、先の戦いで傷ついた樹もまた、燻司令を探して旅を続けていた。
その彼女を追って、別の新たなるハーディアンの影が...！
そしてシュウもまた、しもべ達を連れて燻司令を追っていた。
決戦の刻は近づく･･･。

イエラの命がけの活躍によってアフラーシステムのデータ受信に成功した。
人類の最終拠点「竜宮城」に向かっている途中、立ち寄った港で一人の少女に出会う。
その少女から見せてもらった数多くの写真の一枚に乃亜は驚愕する。
シュウは玲から燻司令の居場所を力ずくで聞きだそうとする。
玲を追いかける最中、ヴァルダ達に異変が...！
そんな状況の中、玲の攻撃とベルゼブの群れがシュウを襲い掛かる！

ベルゼブと玲の攻撃を受け、満身創痍のシュウとヴァルダ達。
しかし、玲が逃げる前に残した言葉を確かめるために傷が癒える前に移動を続けていた。
その途中、かつての同僚がハーディアンと戦闘していたのを見つける。
一方、科学者達と一時別れた乃亜とイエラは地下の巨大施設で人影を見る。
その人影は乃亜が探し求めていた人だった！

人類とハーディアンの総力戦の日、伝承者となり、最愛の人を思い続け、復讐を誓ったシュウ。
同じ日、裏返り最愛の人を偽りながら守り続けていたシュウ。
親友だったはずの二人のシュウの思いがすれ違い激突する。
二人の激突の衝撃は床を崩し、その場にいた由乃達を巻き込んでしまう。
他の人たちとハグレてしまう乃亜達。そこでイエラの過去が明らかになる。

信じたくはない出来事を目の当たりにし、その場を後にした乃亜達は由乃を治療するために竜宮城を目指す。
港湾施設で竜宮城に連絡を取ろうとするが、竜宮城にはつながらず、レジスタンスグループの船が港に激突する。
激突した船に生存者は存在せず、ベルゼブの大群に占拠されていた。
船から出てきたベルゼブの大群が乃亜達に襲い掛かる！

竜宮城とサラディン号はベルゼブの大群に襲われる。
七生は、巨大ハーディアンとの戦闘で深手を負い、樹達は船内に侵入してしたベルゼブの大群に対処しようとするが、船内と海上に大量に発生しているベルゼブに逃げ場を奪われ、絶体絶命の状況に陥る。
一方、竜宮城に向かう途中に流されてしまった乃亜は京香に救われ、そこで京香から、人類を裏切った理由を聞かされる･･･！

死を覚悟した樹達の前に、封じられていたはずのシュウが降り立つ。シュウは由乃の元にいくため、海底に向かう。
そこで見たものは竜宮城とレジスタンス艦隊を襲っている巨大ハーディアンと、捕われている瀕死の七生だった･･･。
人類の存亡をかけたハーディアンとの最後の戦いが幕を開ける！

激戦が終わった。しかし、そこには哀羽シュウの姿はなかった。光に包まれたシュウは、見た事もない場所にいた。
そこに現れたのは4人目のしもべだった。そしてシュウは、死者の書の、真の目的を知らされる！？

シュウが姿を消した後も、人々は希望を捨てず、その命をかけて最後のハーディアンに立ち向かっていた！
伝承者の宿命と力を受けたネクロダイバー・シュウ。数々の仲間達との出会いと戦い...。その果てに待つ運命とは？
そして、人類の存亡は？！人の、星々の、全ての、〃命〃の声がシュウを呼ぶ。今こそ世界は真の覚醒の刻を迎える...！

ハーディアンとの戦いが終わって数年後。乃亜は「死者の書」の研究を続けていた。