その日、アオイ＝カズヤは、リミッターとなるべくウエスト・ゼネティックスに降り立っていた。
その目の前に突然、武器を手に戦う女生徒達が現れる。
それは、パンドラの公式模擬戦の最中なのだったが、その中の一人、サテライザー＝エル＝ブリジットの姿に、
カズヤは死んだ姉の姿を重ねてしまい、思わず抱きつくのだったが───

模擬戦中にサテライザーに抱きついた為、彼女を学年1位から転落させてしまったカズヤは、責任を感じ謝ろうとする。
周囲が制止する中、"接触禁止の女王"と呼ばれるサテライザーの手を握ってしまうカズヤだったが、噂とは裏腹に彼女は顔を真っ赤にして固まってしまうのだった。
しかしそこに、ガネッサが挑発に現れ───

サテライザーの事が忘れられないカズヤは、
食堂で出会ったものの逃げてしまった彼女を追いかけ、屋上にいるのを発見する。
そしてやっと言葉を交わし、彼女の優しさに触れたカズヤは、
自分をリミッターにしてくれ、と彼女に申し込むのだった。
しかし、そこに「リミッター食い」と噂される3年生のカンナヅキ＝ミヤビが現れて───

カズヤのフリージング能力によって、ミヤビとの戦いにも、勝利したサテライザー。
それは、3年生全体を敵に回してしまう事に。
そして、3年生7位のイングリッド・バーンシュタインに、全力で罰する事を宣言されてしまう。
その事を聞いたカズヤは、再び、リミッターになる事を申し出るのだったが、断られてしまい───

カズヤに触られても大丈夫だと気付いたサテライザーは、洗礼をしない事を条件にカズヤをリミッターとして受け入れ、カズヤも逸れに同意するのだった。そしてその日の夕方、カズヤは"初部屋入り"を行う為に女子寮に向かっていると、道に迷っていたチベットからの編入生ラナ＝リンチェンと出会うのだったが───

オードリー達のリンチを受け気を失ったカズヤが翌朝、
病室で目を覚ますと、自分に覆いかぶさって眠るサテライザーがいた。
二人の距離は確実に縮まっていたのだった。
一方、カズヤを助けたラナは、カズヤの優しさとその能力に、彼を"運命の殿方"と心に決めていた。
そしてカズヤにアタックを始めるのだったが─

3年生に騙され、サテライザーに勝負を挑んだラナだったが、カズヤの登場で誤解は解かれるに至る。
けれどそこに3年生達が現れ、サテラ VS アーネット、ラナ VS クレオの死闘が始まってしまう。
そして、3年生のハイエンドスキルに地に伏してしまったサテラの脳裏には、
幼い頃の忌わしい記憶が呼び覚まされるのだった───

3年生の制裁行為もひとまず収まったそんな折、学園では、年に一度のプロムの開催が控えていた。
ラナの横槍はあったものの、カズヤと一緒に舞踏会で踊る約束を取り付け喜ぶサテラだったが、
アティアから、美人コンテストのパンドラ・クイーンでの勝負を持ちかけられ、
売り言葉に買い言葉で勝負を受けてしまい......

その日、カズヤはイーストゼネティックスで姉の英痕を持つキャシーと会っていた。
しかし彼女は、実はイーストでのサテラの暴走事件が原因で、既に引退を決意していたのだった...。
そして帰路、サテラも英痕を持つ一人だと教わり複雑な気持ちになるカズヤ。
と、その時、後にしたイーストに4体のノヴァが現れたと報告が───！

現れたノヴァは、イーストゼネティックスのパンドラ達をその体内に取り込み消失。
その後、ウエストゼネティックスを取り囲むように出現してしまう。
対して、学内の全パンドラで、迎撃体制を整えるウエスト。
そんな中、サテラはカズヤが姉の面影を自分に重ねていたのだと知ってしまい、
独りで戦うと言い出してしまう───

ノヴァ化したパンドラ達は、ウエストゼネティックスの中央、
レベンスボルン・ヌクレオチドの最下層に収められた聖母マリアの聖骸を目指して侵攻していた。
そしてその中の一体、ノヴァ化したキャシーが、3年生達の攻撃をかいくぐり、聖骸のある部屋の前に辿り着いてしまう。
しかしそこには、招集されたサテラ達の姿が───！

ノヴァ化したキャシーの放つビームに、死を覚悟したサテラ。
しかしそのサテラを救ったのは、自らを盾にしたガネッサだった。
自分を救い力尽きたガネッサの最後の言葉に、初めて仲間というものを感じ、
そして、この戦いで守るべきものが何かを知ったサテラは、自らノヴァ化しつつ、再びキャシーに挑んで行く───！