22歳、ニートでネットゲーム「BTOOOM！」の世界ランカーである坂本竜太は、目覚めると南海の孤島に連れ去られ、
本物の爆弾を手に、見知らぬ他人との爆殺ゲーム、リアルBTOOOM！に参加させられていた！
戸惑う坂本に、容赦ない攻撃が襲い掛かる！

ヒミコ。青い瞳に金髪の女子校生である彼女は、友人たちと普通の学生生活を送っていた。そんな彼女も、ある出来事をきっかけに島に送られてきてしまう。その出来ごとを悔やむ彼女を他所に、島でも魔の手が彼女に襲いかかる――。

滝壺で見かけた少女を追った坂本は、平と名乗る男と出会う。平から島に連れてこられた輸送機の中での出来ごとを聞かされた坂本は、この島でのルールと、自分がゲーム主催者と関わりがあるらしいことを知る。

吉良康介、１４歳。家出の末に猟奇事件を起こし逮捕。「ＢＴＯＯＯＭ！」プレイヤーでもあるこの危険な少年も、誰かの手で島に送られ、同様に島に送られた暴力的な父・義久との関係に終止符を打つ。現場に遭遇した坂本との間に緊張が走る！

吉良少年との激闘を辛くも制し、平と食事をとる坂本。
川を流れてきた死体（明智）を見てその殺人者を探しに川を上るが、見つけたのは滝壺で出会ったあの少女（ヒミコ）だった。
坂本に襲いかかるヒミコ。「殺さずに島を出る」ことを考え始めた坂本は、どうする――。

無人島の夜。
火を囲んでいた坂本達を襲ったのは、大トカゲの群れだった。
気を失ったヒミコを庇い、平が脚を噛まれる。
追いすがったトカゲが襲いかかり、ヒミコを背負った坂本は、先を行く平とはぐれる。
トカゲに囲まれ絶体絶命のピンチを救ったのは・・・！？

トカゲを退けた坂本達だが、平の脚の負傷は重症の様子。
しかし、安堵の間もなく次なる敵が現れる。
ヒミコが最初に出会った一人、宮本だ。
元傭兵の前に坂本は易々と退けられ、平は更なる深手を負い、ヒミコは攫われてしまう。
意識を取り戻した坂本は――？