舞台は一年戦争末期、中立コロニーのサイド6。
軍隊に憧れる小学生アルは、コロニーに潜入してきたジオン軍の特務隊員バーニィと出会う。
二人はこのコロニーにジオンの狙うガンダムNT-1が隠されていることを知り、その在処を探し始めるのだが･･････。

【スタッフ】
企画：サンライズ
原作：矢立肇、富野由悠季
構成：結城恭介
脚本：山賀博之
デザインワークス：出渕裕
キャラクターデザイン：美樹本晴彦
モビルスーツ原案：大河原邦男
メカニカルデザイン協力：明貴美加、石津泰志
美術：池田繁、脇威志
色指定：高島清子
撮影：奥井敦
編集：瀬山武司
音響：藤野貞義
音楽：かしぶち哲郎
監督：高山文彦
プロデューサー：内田健二（サンライズ）、高梨実（バンダイ）

【キャスト】
アル：浪川大輔
バーニィ：辻谷耕史
クリス：林原めぐみ
シュタイナー：秋元羊介
ガルシア：島香裕
ミーシャ：島田敏

「ガンダム」シリーズの原点になったTVシリーズ第1弾。
宇宙世紀0079。ジオン公国と地球連邦政府が戦争を繰り広げる中、サイド7に住むアムロ・レイは、ジオン軍の奇襲をきっかけに、連邦軍のモビルスーツ"ガンダム"のパイロットになってしまう。
様々な戦いを経て、アムロは"ニュータイプ"へと覚醒していく･･･。

【スタッフ】
原作： 矢立肇、富野喜幸
総監督： 富野喜幸
アニメーション・ディレクター： 安彦良和
キャラデザイン： 安彦良和
メカデザイン： 大河原邦男
美術設定： 中村光毅
音楽： 渡辺岳夫、松山祐士

【キャスト】
アムロ・レイ： 古谷徹
シャア・アズナブル： 池田秀一
ブライト・ノア： 鈴置洋孝
フラウ・ボゥ： 鵜飼るみ子
ミライ・ヤシマ： 白石冬美
セイラ・マス： 井上瑤
カイ・シデン： 古川登志夫
ハヤト・コバヤシ： 鈴木清信
リュウ・ホセイ： 飯塚昭三
マチルダ・アジャン： 戸田恵子
ララァ・スン： 潘恵子
ナレーター： 永井一郎

宇宙世紀0079――スペースコロニー"サイド３"はジオン公国を名乗り、地球連邦に独立戦争を挑んできた。人類の半数以上を死に至らしめた戦争は、今や膠着状態に陥っていた。そんな状況下で連邦側のコロニー"サイド７"に怪しい動きを察知したジオン公国軍のシャア・アズナブル少佐は、モビルスーツ"ザク"３機を偵察に差しむける。連邦軍はそこで"ガンダム"を中心とする新鋭モビルスーツの開発と運用テストを行っていたのだ。興奮した新兵のジーンは軍功を焦って暴走し、独断で砲撃を開始した。サイド７の少年アムロ・レイは、他の民間人ともども戦火に巻き込まれてしまうが、そこで父の開発するガンダムのマニュアルを偶然拾う。隣人のフラウ・ボゥの家族たちが一瞬で死に至ったのを見たアムロは、ガンダムの操縦席に乗りこんで起動する！ガンダムでザクに立ち向かったアムロは、まったくの素人ながらビーム・サーベルで２機のザクを破壊することに成功。だが、シャアはムサイ艦からミサイルを発射し、サイド７を破壊し続けるのであった。

アムロの活躍でザクは撃退されたものの、避難民たちを受け入れた軍艦ホワイトベースは、廃墟と化しつつあるコロニーから待避せざるを得なくなっていた。パオロ艦長以下、熟練した正規軍人たちの大半は死傷し、生き残った少年少女たちが協力して脱出の準備を進める。一方のシャア少佐は、連邦側モビルスーツの機密を求めて自らサイド７内部へ潜入していた。セイラ・マスに見とがめられ、彼女に妹の面影をみて驚愕するシャア。パオロ艦長からガンダムを任されて作業中だったアムロは、逃亡するシャアを追って宇宙へと出る。続いて宇宙へと出港したホワイトベースのモニターには、接近する異常な機体が映っていた。その速度は通常の機体の３倍！「赤い彗星」と異名をとるシャアのザクだった。シャアはガンダムに銃撃を浴びせてその実力を見せつけるが、アムロはガンダムで懸命に応戦する。ビーム・ライフルの一撃でザクを仕留めたガンダムの威力に戦慄したシャアは後退する。だが、艦に戻ったアムロにブライトは厳しい言葉を浴びせる。生き延びるための懸命な戦いが始まっていた。

ホワイトベースは南米の連邦軍本部ジャブローを目ざすべく、宇宙からの地球への大気圏突入を敢行しようとしていた。重力に引かれるまま落下すれば、機体は赤熱して燃え尽きる――この危険なタイミングを狙って、シャア少佐はザク部隊で前代未聞の攻撃を仕掛けてきた。随伴していたサラミスの突入カプセルは被弾し、戦闘不能になって収容されてしまう。護衛のため出撃したアムロのガンダムは、新装備ガンダム・ハンマーで１機のザクを倒した。だが別のザクとの戦闘は長引き、オーバータイムは敵味方ともに帰還不能なポイントへと追い込んでいく。ついに機体は灼熱の大気に包まれ、ザクは溶解してパイロットのクラウンごと空中分解を遂げた。ガンダムも同じ運命をたどるのか？その時、アムロはマニュアル中に大気圏突破の手段を発見した。耐熱フィルムと冷却シフトによって機体温度は低下し、ガンダムはホワイトベースへ無事に収容された。だが、降りたった北米大陸はジオン公国軍の制空権内。倒せない場合はコースを変えるという、シャアの二重の策略は成功したのだった。

北米大陸を制圧したジオン公国軍のガウ攻撃空母と戦闘機ドップの編隊が、荒野へ追いこまれたホワイトベースに襲いかかる。指揮官はザビ家の末子ガルマ・ザビだ。アムロは疲れた身体で出撃、ガンタンクの地対空砲撃で空襲を牽制しようと試みるが、敵は戦車マゼラ・アタックによる地上部隊も繰り出してきた。ブライトはアムロにガンダムに乗り換え、巧妙な敵包囲網を突破するよう懇願する。刻々変化する戦況と、口々に身勝手な意見や命令を言う周囲にいらだつアムロは、ようやく自分なりに納得して出撃する。だが、そこは有重力下の慣れない戦場だった。敵はモビルスーツ部隊まで加え、ガンダムは敵の集中攻撃にさらされることになった。混濁する意識の中でアムロはついに決起し、ガンダムを敵のまっただ中に突入させる。その執念に影響されたハヤトたちも応戦し、形勢は逆転した。歓迎する子どもたちを前に、アムロは自室に戻って泥のように眠ってしまう。そして、ガンダムの実力を思い知ったガルマはガンダム奪取を決意するが、協力を約束するシャアの眼は怪しく光るのであった。

たび重なる出撃に、アムロは心身ともに疲弊しきっていた。ささいな感情のすれ違いが積み重なり、ついに命令を拒絶して自室に閉じこもってしまうアムロ。一方、姉キシリアへの体面を気にしたガルマは、戦局を打開しようと自ら戦闘機ドップの編隊を率いて、ホワイトベース討伐に出ていた。苦戦を強いられるガンキャノンとガンタンク。ブライトは任務拒否するアムロに活を入れようと平手打ちをするが、かえってアムロを逆上させる結果を招き、互いに激しい口論となってしまう。だが、ブライトの発したシャアという名前に反応し、フラウ・ボゥの言葉で自分が男であることを自覚したアムロは、ついに奮起した。砲火の中へと出たガンダムは、アムロの操縦によってジャンプ力とロケットノズルを駆使して空中戦を開始した。混乱したドップを次々と撃墜したガンダムはガルマ機の翼を切り落とすが、深追いしようとしたところをミデア輸送機に制止された。連邦軍輸送部隊のマチルダ中尉がホワイトベースの補給に来たのであった。完全に孤立したわけではないと知ったアムロたちは、一時の安堵を覚えるのであった。

ジオン公国軍が占領した北米大陸。接収されたニューヤーク市官邸では、政財界の要人を集めてパーティーが開催されていた。
前市長エッシェンバッハの娘イセリナと、現地の恋をはぐくむガルマの姿を、シャアは冷ややかな目で見つめる。市内にホワイトベースが潜伏したと報告を受けたガルマは、将来を誓ったイセリナのためにもガウ攻撃空母で指揮をとり、
絨緞爆撃でいぶり出そうと試みる。成果があがらず焦りをつのらせるガルマのためにと、シャアはザクによる地上攻撃を申し出て、ガンダムとの交戦を開始した。だが、それはシャアによる恐るべき陰謀の幕開けであった。雨天野球場に潜伏中の"木馬"を発見したシャアは、ガンダムが囮であると気づきながらガルマをその進路へと誘導する。ガウの背後から一斉砲火を浴びて驚愕するガルマ。シャアは高らかに笑いながら、これが謀殺であることを彼に告げた。執念でガウを"木馬"にぶつけようと試みたガルマだったが、途中で機体は無惨に爆破四散した。その悲報はイセリナとガルマの父デギン公王に衝撃を与える。新たな悲劇の幕があがろうとしていた......。

ジオン軍月面グラナダ基地のキシリア・ザビ少将は、資源発掘担当のマ・クベ大佐に会う目的で戦艦グワジンに乗り地球に向かった。脱走者は死刑と知り、慌てたフラウ・ボゥは、アムロを連れ戻そうとバギーで追うが、説得はすれ違いに終わる。逃亡を続けるアムロは、マ・クベとキシリアのいる鉱山基地を発見。これこそオデッサ・デーの目標だと思いこんだアムロは、ガンダムによる攻撃を開始した。奇襲を受けたキシリアは、巨大兵器アッザムのテストを兼ねてマ・クベと出撃する。重火器に翻弄されたガンダムに対し、続けて金属粉リーダーが散布される。籠のように囲んだワイヤーが放熱磁場を形成すると、付着したリーダーは一瞬のうちに４千度もの熱を生成した。敵の出力が弱ったすきに、ビーム・ジャベリンで逆転に成功するガンダム。モビルスーツの実力を思い知ったキシリアは、機密保持のため鉱山基地を自爆させて待避した。勝利に喜ぶアムロだったが、実は百以上もあるジオン軍の採掘基地のひとつに過ぎないと気づき、愕然とのだった。ブライトたちもまた、この襲撃がジオン軍にガードを固めさせたと苦慮していた。

砂漠をひとり放浪するアムロ。ようやく落ち着いたレストランに、ランバ・ラルが兵を率いて入ってきた。同行の女性ハモンは、アムロの鋭い眼光に好意を抱いて食事を余分にオーダーしたが、アムロは理由がないと謝絶する。その対応にランバ・ラルも好感を持ち始めたとき、連邦軍の制服を着たフラウ・ボゥが歩哨に捕らえられた。アムロの知りあいと判明し、店内は緊張に包まれる。だが、ラルはケープの中で密かに銃を構えた少年の勇気に敬意を表して放免する。同時にバイク兵にあとをつけさせ、木馬の居場所をつかむ周到なラル。行動を起こしたラル隊に気づいたアムロは、隠したガンダムを起動して急行した。ガンダムの堂々たる戦いぶりにパイロットが只者でないと見破ったラルは、実力のすべてを賭けてガンダムと斬り結ぶ。激闘の末、互いの顔を認めあうアムロとラル。少年が戦場に出ていると知って驚くラルだったが、捨てゼリフを残しつつ脱出に成功した。戻ったアムロは、独房に入れられて絶叫するが、やがてラルに勝ちたいという決意が、彼の表情を変えるのであった。

月面グラナダのキシリアは、貴重な資源を供給し続けたマ・クベの危機に際し、新型モビルスーツ"ドム"と黒い三連星を送るよう指示を出していた。補給部隊のマチルダ中尉はホワイトベースの少年たちに大人気となり、カイの提案で記念写真が撮影された。あこがれの人の写真を手に入れたアムロは、舞いあがってしまう。一方、レビル将軍はルウム戦役時に彼を捕らえた黒い三連星の参戦を聞き、オデッサ作戦開始の繰り上げを命じる。情報の早さに驚くエルラン。セキ技術大佐の指揮で修理が進む中、アムロはマチルダに補給部隊に入った理由を尋ねた。戦争という破壊の中で、ものをつくることができるからという回答に、アムロは感銘を受ける。黒い三連星のドムがホワイトベースに迫り、Ｇアーマーのパイロットに指名されたセイラは、とまどいながらもガンダムと出撃した。三連星のドムはジェットストリーム・アタックを仕掛けてアムロを翻弄する。アムロは敵の意表をつく攻撃でマッシュのドムを葬ったが、この戦いでマチルダが犠牲となった。追悼の場で、アムロは心の中にマチルダの名を絶叫する......。

ホワイトベースは、苦難の果てに南米ジャブローの地球連邦軍本部へとたどり着いた。だが、同時に敵ジオン公国軍のマッドアングラー隊も追跡していた。シャア大佐は北米から新型モビルスーツ"ゾック"を受領し、援軍の到着を待たずして第一次攻撃隊を発進させた。ホワイトベース整備の指揮をとるウッディ大尉が、戦死したマチルダ中尉のフィアンセだと知り、アムロは深い感慨に沈む。ついにジオン軍の大編隊がジャブロー上空に接近し、無数のモビルスーツを降下させて総攻撃を始めた。防衛に加わったアムロは、ガンダムの量産タイプ"ジム"を素早い動きで仕留める赤いズゴックを発見した。シャアの機体だ！　ウッディ大尉も婚約者の愛した艦を守ろうとして、その犠牲となってしまう。再び戦場で対決する、宿命のライバルたち。シャア再来の報告を聞いてホワイトベースは驚きに包まれるが、その中でもセイラはひときわ大きな動揺を見せるのであった......。

シャア大佐のズゴックは、アカハナたち特殊工作員のモビルスーツ"アッガイ"を率いて、ジャブロー基地へ潜入した。アムロたちは階級を受領し、軍人として連邦軍に正規に編入されていく。同時にカツ、レツ、キッカたちの処遇が問題になり、育児センターに預けられるが、そこを嫌った３人の子どもたちは脱走。逃げのびた先は、連邦軍のモビルスーツ"ジム"の工場だった。まさにそこを爆破しようと暗躍していた特殊工作員たちと鉢合わせし、縛られて置き去りにされる子どもたち。小さな勇士たちは、懸命に縄を切り、時限爆弾をひとつ残らず取り外そうと奮戦する。爆弾を乗せてバギーで工場から遠ざかろうと試みたとき、ちょうど出会ったアムロたちの対応で、爆弾はうまく処理された。戦闘の始まった地底で、子どもたちを追ってきたセイラはシャアと遭遇し、互いに兄妹であることを確認しあう。アムロの活躍でアッガイは破壊されたが、シャアはズゴックで逃亡した。子どもたちの艦への残留が認められた頃、連邦軍高官たちはホワイトベースを囮専門にすることをブライトに告げるのであった。

連邦軍技術部のモスク・ハン博士は、ガンダムの関節に電磁工学を応用した技術マグネット・コーティングを施すことで、応答速度の向上を試みていた。ジオン公国では月のグラナダと宇宙要塞ア・バオア・クーの間を最終防衛線と定め、本土決戦に備えてスペースコロニー"マハル"の住民を強制退去させていた。ギレン総帥はマハルをソーラ・システムに改造する許諾書を父のデギン公王に提出していた。一方、ララァの戦果に自信をつけたシャアはエルメスを実戦に投入するが、２隻の戦艦を瞬時に沈めるララァの能力の異常さに味方のパイロットは恐怖を覚えるのだった。その頃、地球連邦軍は「星１号作戦」を発動させていた。ガンダムの改修で艦隊集結に遅れたホワイトベースもようやく出港し、キシリア直轄の遊撃隊に配属されたシャアの部隊と戦闘状態に入っていった。ゲルググで出撃したシャアは、アムロのガンダムとエルメスのララァ、ニュータイプ同士の激戦の中では邪魔者扱いされる始末であった。ララァの多大なる戦果は高く評価されたが、ガンダムとの戦闘で異常な反応を示すララァの様子に、シャアは不安を覚えるのであった。

ギレンに絶望したデギン公王は、自ら戦艦グレード・デギンを出港させて和平交渉に乗り出した。だが、ギレンはその動きさえも察知していた。キシリアはシャアの動機がザビ家打倒からニュータイプに移ったことを確認し、アムロもまた自分のニュータイプ体験をクルーに告白していた。キシリア艦隊と第13独立艦隊は交戦を開始、ララァのエルメスはアムロのガンダムに直進する。サイコミュ誘導されたビットはオールレンジ攻撃でガンダムを包囲するが、アムロはそれを完全に撃破してしまった。先鋭化する二人の意識は共鳴し、思惟が直結して会話が始った。ゲルググで二人の間に割って入るシャア。シャアがガンダムに討たれかけた刹那、エルメスがシャアを庇ってアムロのガンダムのビーム・サーベルを受けた。アムロの意に反してララァの生命が散る瞬間、二人は未来の姿を幻視する。まさにニュータイプの招いた悲劇であった。やがてデギン公王がレビル将軍との接触を始めたとき、ギレンにより、ソーラ・レイが発射された。憎しみの光が招く惨劇を予感し、アムロは絶叫する。

直径6キロに及ぶコロニーレーザー兵器ソーラ・レイの光は、デギン公王とレビル将軍ともども連邦軍主力艦隊の約半数を蒸発させてしまった。ギレンはこの機に乗じ、ア・バオア・クーの兵士を相手に戦意高揚の演説を行う。指揮系統と戦力を失って混乱した連邦軍艦隊は残存戦力を結集し、ア・バオア・クーへ進撃を開始した。空母ドロスでこれを迎え撃つギレン。キシリアと要塞に到着したシャアは、自分自身のニュータイプの可能性に賭けるしかないと、未完成のモビルスーツ"ジオング"に搭乗して出る。ギレンが指揮をとる司令室に入ったキシリアは、総帥の真意を聞き、兄であるギレンが父を殺したと確信をもつのだった。キシリアのレーザーライフルがギレンの頭部を貫き、兵たちの前で主権交代が起こった。その直後、空母ドロスが沈み、地球連邦軍はモビルスーツ隊を立てて要塞へ突入。そしてシャアはジオングのパワーを存分に発揮しきれない自分に焦りつつも、アムロのガンダムとの戦いに決着をつけようとしていた。

連邦軍はモビルスーツ隊をア・バオア・クー内へ進入させようとしていた。ホワイトベースはエンジンに直撃を受けて要塞内で停止し、白兵戦が開始された。ガンダムとジオングは相打ちで大破してしまった。ガンダムを降りて真に倒すべき敵を認識するアムロの前に、シャアが立ちはだかる。モビルスーツから降りての要塞内での銃撃戦から、剣で切り結ぶ宿命の二人。セイラが割って入り、アムロとシャアの決着はつかなかった。セイラに別れを告げたシャアは、逃亡するキシリアを追って、ザンジバルを砲撃、彼女を葬り去る。絶望的な状況の中でアムロはガンダムの残骸を発見し、コクピットへと滑りこんだ。ララァの声に導かれ、アムロは遠くで懸命に戦う仲間の姿を見る。アムロの言葉に誘導され、クルーたちは脱出に成功した。だが、肝心のアムロの姿だけが見えない。セイラが諦めかけたとき、子どもたちの掛け声にのってアムロのコア・ファイターが爆発の中から飛び出してきた。アムロは帰るべき場所を見つけたのだ。そして宇宙世紀0080年、地球連邦政府とジオン共和国との間で終戦協定が結ばれた......。

地球圏統一連合の圧政によってコロニー住民の不満は募りつつある時代。AC（アフターコロニー）195年、軍事組織の水面下で独裁と支配を目論む秘密結社"OZ"の独裁を阻止するため、各スペースコロニーから５機のガンダムが隕石に擬装し、地球降下作戦「オペレーションメテオ」を決行。しかし、ヒイロ・ユイが乗るウイングガンダムは、降下作戦の軌道上で、OZの攻撃輸送船に発見されてしまう。輸送船に搭乗していたスペシャルズ特佐ゼクス・マーキスは、いち早く作戦を察知し、ＭＳリーオーで参戦する。ゼクスの辛勝により、海へと沈められたウイングガンダム。間一髪で脱出に成功したヒイロは、近くの海岸に流れ着いていた。父であるドーリアン外交官の仕事のため、宇宙から地球へ戻ってきたリリーナ・ドーリアンは、海岸に流れ着いていたヒイロを発見。リリーナに顔を見られたヒイロは、自殺を図るが失敗に終わり、駆けつけた救急車を奪って逃走する。それから数日後、ヒイロはリリーナの学園に転校してきた。無事であったことに安堵するリリーナに対し、ヒイロは「お前を殺す」と宣告するのだった。

何者かによって奇襲をかけられ、ＯＺの資源衛星が消滅したという情報が入る。それも、敵はバスターライフル１撃で破壊したらしい。５人の博士たちは、驚異的な威力からオリジナルガンダム＝ウイングガンダムゼロであると推測する。メリクリウスとヴァイエイトで迎撃に向かったトロワとヒイロは、ウイングガンダムゼロのパイロットがカトルであることを確認する。トロワは、新たな戦力にＯＺ反撃の好機を考えたが、ヒイロはカトルの行動に疑問を感じていた。ウイングガンダムゼロに近づいたヴァイエイトは、攻撃を受けてしまう。カトルは以前の優しさを完全に失ってしまい、武装を続けるコロニーの破壊を宣言してきた。そのころ、モビルドールよりガンダムパイロットたちを優先させるレディ・アンに苛立ちを覚えたツバロフは、パイロットと５人の博士たちの収容室の空気供給機を切り、始末しようとする。あがくデュオと対照的に五飛は、冷静に改良型ガンダムのチェックをしていた。生き残ったときすぐに行動へ移せるよう、わずかな可能性に賭けて。

カトルは、ウイングガンダムゼロを駆り、ヒイロが搭乗するメリクリウスと激戦を繰り広げていた。しかし、力の差は歴然としてあり、カトルはヒイロに止めを刺そうとする。そこへ半壊したトロワのヴァイエイトが２機の間に割り込み、ウイングガンダムゼロのツインバスターライフルをまともに食らってしまう。爆発する中、トロワはカトルに以前の優しいカトルに戻ってほしいと懇願し、その方法を見つけられないまま爆炎に包まれてしまう。トロワを失った衝撃で、正気を取り戻したカトルは、犯した過ちに深い傷を負うのであった。一方、地球では、ロームフェラ財団がモビルドールシステム完成を宣言。反抗派のトレーズは、ガンダムパイロットを賞賛し、幽閉される身となっていた。トレーズの意志を理解したレディ・アンは、意見の対立するツバロフ率いる月基地へ攻撃を仕掛けるのだった。レディ・アンはみずから月基地に侵入し、５人の博士たちとガンダムパイロットを解放。デュオと五飛は、すぐさま新型のガンダムデスサイズヘルとアルトロンガンダムに乗り込み、モビルドールビルゴ相手に戦う。目的を果たしたレディ・アンはその代償としてツバロフの弾丸に射抜かれ、倒れてしまう。

トレーズ失脚により、ＯＺ内部は大きな変化を迎えていた。トレーズに心酔する若手兵士たちを中心とするトレーズ派とロームフェラ財団派の２派が誕生したのである。そしてツバロフは、モビルドール生産ラインを完成させ、トレーズ派排除と財団支配の確立のための作戦オペレーション・ノヴァを発動させる。モビルドールを完璧な戦士を考えるツバロフは、目障りな存在であるガンダムパイロットを抹殺しようと計画していた。しかし、トレーズ派の兵士によって救出されたヒイロとカトルは、５人の博士たちの元へと連れていかれた。そこでゼロ・システム解明の手伝いを要求されたのだった。ゼロ・システムテストのため乗り込んだヒイロはシステムに完全に飲まれてしまい、暴走してしまう。以前、ゼロ・システムに支配されたカトルは、メリクリウスに搭乗しヒイロを止めに入る。「戦ってはいけない！」カトルの悲痛な叫びが、ヒイロを正気へと戻した。

宇宙に留まっていたデュオは、ガンダムデスサイズヘルを完成させるため、ＯＺの輸送船を襲撃していた。それは同時に、モビルドール・ビルゴ製作を妨害するための行動でもあった。そのころ、ＯＺのトラント特尉は、ウイングガンダムゼロに組み込まれている"ゼロ・システム"に深い興味を示す。そしてツバロフに報告もせず、試験をくりかえしていた。より優秀なパイロットを搭乗させ、ゼロ・システムのデータの収拾を試みるトラント特尉は、コロニーを楯にしてデュオにシステム解明の協力を脅迫する。しかたなく従いゼロ・システムを体験するデュオ。彼は、ライフルでヒルデを巻き添えにコロニーを爆破するという幻影を見せつけられ、恐怖するのであった。トラントの暴走に感づいたツバロフは、ＯＺのＭＳ部隊を派遣し、その実験を中止させようとする。しかしトラント特佐は、デュオをおろしてウイングガンダムゼロに搭乗する。ゼロ・システムに魅入られたトラントは殺戮を繰り返すのだった。

五飛は故郷のコロニーへ戻り、修行を続けていた。ＯＺに抵抗を続けていたコロニーは襲撃を受けてしまう。五飛はアルトロンガンダムで参戦。しかし、戦闘の最中、ＯＺは五飛のコロニーを楯にして投降を要求。それに臆することなく誇り高い一族は、五飛にすべての思いを託して、コロニーを自爆させた。その行為は、五飛に衝撃とＯＺに対する激しい怒りを駆り立てるものだった。五飛が単身ＯＺ相手に戦っていることを知ったゼクスは、ガンダムパイロットとの共闘を考え、ピースミリオンでその地へ向かう。しかし、その申し出を拒否。ゼクスを「悪」とみなした五飛は、戦いを挑む。ウイングガンダムゼロで応戦するゼクスだが、ゼロシステムの影響を受け、ピースミリオンまで攻撃してしまう。そのころ、あるコロニーにキャスリンらサーカス団の姿があった。そこに同じようにトロワもピエロとして参加していた。瀕死状態で宇宙を彷徨っていたトロワは、救出されたときすべての記憶失っていた。キャスリンは弟としてトロワをサーカス団に置くことを決める。カトルはサンドロック捜索のためマグアナック隊を求めて砂漠へと旅立っていた。

ゼクスは、サンクキングダムの安否を気遣い、地球へと降り立つ。しかし、時すでに遅くサンクキングダムは崩壊した後だった。しかし、その中で敵を求め、戦いを続けるエピオンの存在を発見する。
ゼロシステムに支配され完全に自分を見失ったヒイロは、ゼクスのウイングガンダムゼロに戦いを仕掛けてくる。ふたりの純粋な戦いにシステムは限界を超えて、パイロットを排除。ふたりは、ようやくシステムから開放される。トレーズが製作した機体エピオンにゼクス、ウイングゼロに搭乗を選択したヒイロは、ぞれぞれ目的の場所へと旅立っていった。
宇宙では、革命軍ホワイトファングが蜂起。アルテミス・レボリューションで月基地征圧に成功する。ツバロフはモビルドールで反撃を試みるが、アルトロンガンダムの前にその野望は潰えるのであった。
デルマイユ公爵は、民衆の支持を得るためにリリーナを財団代表の地位へつけようと企む。
リリーナは、多くの血が流れることを憂い、仕方なくデルマイユ侯爵に従うのであった。

リリーナは、ゼクスの真意を知るため、リーブラに到着していた。
しかし、彼の行動を止めることはできなかった。
ピースミリオンのガンダムパイロットに対し、ホワイトファングは大量のモビルドールを送り込んでくる。
ガンダムパイロットたちは、なんとか応戦するのだが、
戦術がプログラムされているモビルドールの前に疲労を見せ始める。
カトルは作戦行動をとることを提案。
ヒイロはサンドロックにゼロ・システムを積み込む。その時、再び彼らの前に現れるモビルドール。
ドロシーが、ゼロ・システムを応用した指揮システムによって動かしていたのだ。
カトルもついにゼロシステム始動。みごとな指揮を取り、戦況を逆転させる。

リーブラのモビルドール制御室で会ったカトルとドロシー。
ドロシーとの戦いの中、彼女に真意と深い悲しみを知ったカトルは、あえて彼女の剣を受ける。デュオは、マグアナック隊や彼らに協力するリーオー部隊とともにモビルドールを倒しながら、リーブラ地球落下を阻止すべく行動を開始。
アルトロンガンダムの五飛は、トールギス２号機を駆るトレーズとの戦いを繰り広げていた。壮絶な一騎打ちが繰り広げられる中、五飛の放った一撃がトレーズを貫く。
五飛を理解者と認識するトレーズは、ガンダムパイロットたちにすべてを託し、みずから舞台を降りることを選んだのだった。
トレーズの死を受けて、レディ・アンは世界国家軍の敗北宣言を全宇宙に告げる。
ここに、戦争は終結したかに見えたが、ヒイロとゼクスの戦いは、これから始まろうとしていた。
そして、一度は落ち着きを見せたリーブラも再び、地球へと落下しつつあった。

全宇宙を巻き込んだ戦争は幕を閉じた。しかしヒイロとゼクスの戦いは、まだ終結を向かえていなかった。敗北宣言したレディ・アンは、資源衛星ＭＯ-Ⅱに生存者を避難させるよう指示。そこへ到着したリリーナらを快く迎えた。レディ・アンは、戦争がもつ哀しさとむなしさを民衆の心に刻ませるために、全宇宙でゼクスとヒイロの戦いを中継させた。ハワードは、リーブラが落下した場合、地球全土に被害が及ぶことを指摘。デュオによってリーブラへ送り届けられた５博士は、落下を阻止しようと行動する。そこへオペレーション・メテオの指令をだしたカーンズが現れた。宇宙の指導者、ヒイロ・ユイの復讐のため、オペレーション・メテオを発動し、今またリーブラを地球へ落とそうとするカーンズ。しかし、５人の博士たちは戦乱を招いてしまった自らを裁くため、動力を暴走させてリーブラを自爆させた。しかし、依然落下を続けるリーブラの一部。破壊するためには、ガンダムの自爆装置しかないと判断したヒイロは、自爆装置に手をかける。