通信が途絶えた惑星ボリスへ向かったヒュウガ船長率いる宇宙船スペースペンドラゴン。
だが、謎の干渉エネルギーを受け、荒廃したボリスに不時着する。
そこでテレスドンとサドラ、レッドキングといった地球では絶滅したはずの怪獣が繰り広げる
バトルに遭遇し、驚くクルーたち。そんな彼らの前に、謎の少年レイが現われ...。

ゴモラを召還し、レッドキングを撃退した謎の少年レイから、惑星ボリスで起きた出来事を
聞きだそうとするヒュウガ船長。だがレイは何も語らず、一瞬の隙に姿を消してしまう。
周囲の捜索に出たヒュウガたちは原始怪鳥リトラ、巨大植物ジュランなど、大怪獣たちとの
脅威の遭遇を続けていく。さらにペンドラゴンの修理に悪戦苦闘するＺＡＰ　ＳＰＡＣＹクルーの前に
ゴルザとテレスドンが出現！４人のクルーたちは絶体絶命のピンチに見舞われる。
その時、レイの取った行動とは...？↑

ゴモラとリトラをあやつるレイは、過去の記憶を失っていた。
怪獣と戦いつづけてきた彼の頭の中に、謎めいた岩の中の巨人の姿が断片的に浮かぶ。
そんなレイをペンドラゴンの五人目のクルーとしてスカウトするヒュウガ。
怪獣と戦えるレイの力を借りるかわりに、失われた記憶をさがす手伝いをしようという取引だ。
だが、副長のハルナはレイを警戒して、あくまで反対を唱える。
おりしも発生した謎のオーロラの影響で、ペンドラゴンのレーダー類に異常が！
そんなペンドラゴンに透明怪獣の見えない脅威が迫っていた！

補助エンジンの修理を終え、ようやく飛行能力を取り戻したペンドラゴン。
当面の目的地である、惑星ボリスの首都ベラルゴシティへと向かう前に別方向にある
資源輸送基地へ進路を取るように指示するヒュウガ。
だがそこには生存者は無く、基地は無残に破壊されつくしていた。
資源エネルギーを吸い尽くした宇宙大怪獣べムスターの仕業だ！
ハルナは無謀にも小型艇「ドラゴンスピーダー」でべムスターに単機立ち向かう！
破壊された資源輸送基地へのハルナの想いとは...？

べラルゴシティで暴れるサドラにファイヤーゴルザを仕掛ける謎の女性ケイト。
彼女は生存者アズサ・マキを装いヒュウガたちに接触。
だが、スペースペンドラゴンの改修作業が進む中、保護されていたアズサが
突然失踪してしまう。その直後に現れたファイヤーゴルザに対し、レイはゴモラで応戦するが...

テレパシーで、ＺＡＰクルーの前から姿を消すようにとレイを脅迫するアズサ（ケイト）。
クルーの命を守るため、無言でＺＡＰから去るレイ。
だがケイトは約束を破り、オキを人質にしてバトルを強要。
そんな時、彼女が呼び出したガンQの前にスペースペンドラゴンが飛来。
ハイパーオメガ砲はレイの危機を救えるのか...！？

レイとハルナを乗せたドラゴンスピーダーが突如、謎の時空エネルギーに巻き込まれ、
不時着してしまう。ヒュウガたちは不時着エリアへと捜索に向かうが、その地帯では
時空のゆがみから怪獣が出現するという怪現象が起こっていた。
ヒュウガたちと合流したレイは、ある建物に踏み込んでいく。
そこは、ＺＡＰの研究施設で、なぜかレイにとって見覚えのある場所だという。
ガレキのなかで、レイは少女の写真が入ったペンダントを発見する。
その少女の面影も、レイは記憶に残っているというのだが...。
さらに、施設から持ち帰った映像データには、怪獣無法惑星と化したボリスの謎を解く、
驚くべき記録が残されていた...！

スペースペンドラゴンのクルーたちは見事なチームワークで、惑星ボリスに怪獣を
呼び寄せていた四次元怪獣ブルトンを撃破した。
だが、なぜブルトンは怪獣を呼び寄せていたのか？
怪獣使いケイトの正体と真の目的とは？そして、記録映像に残っていた、ブルトンとともに
現れた赤ん坊は一体何だったのか？多くの謎の究明と、生存者を見つけるため、
探索を続けるペンドラゴンは、ある湖からの激しい放電現象に遭遇する。
それは、怪獣を湖中に引きずりこんで倒す「水中の王者」宇宙怪獣エレキングが放つ電撃だった！
そして、その湖底には電気エネルギーに反応すると大爆発を起こす危険をはらんだ、
ソリッド鉱石の大鉱脈が広がっていた。 惑星規模の大災害を引き起こしかねないエレキングを湖から引きずり出すため、
ペンドラゴンとゴモラによる共同作戦が展開される...！

レイと石の巨人との不思議な感応能力により、微弱な救難信号をキャッチしたスペースペンドラゴンは
生存者がいると思われる、発信源のヴィンセント島をめざす。
だが、突如あらわれた正体不明の四機の円盤編隊からの攻撃を受け、ペンドラゴンは海中に沈んでしまう。
クマノは懸命の復旧作業に当たるが、ジェネレーターに深刻なダメージを受けたペンドラゴンは
エンジン始動のために必要な電力が確保できなくなってしまう。
海底で動きが取れないペンドラゴンに、凶暴な巨大魚怪獣ゾアムルチが迫っていた。
レイは新たに手に入れた宇宙怪獣エレキングで立ち向かう！
果たして、スペースペンドラゴンは海底から脱出できるのか？

海底から無事脱出したスペースペンドラゴンはヴィンセント島に到着する。
救難信号を発信していたのは、ペンドラゴンの同型艦「ゴースタードラゴン」であった。
ついに生存者たちを発見したのだ！だが、飛行不能となったゴースタードラゴンと、
ペンドラゴンのメインエンジンを修理しなければ、惑星ボリスからの脱出はできない。
修理に必要な物資を確保するため、グランケープ補給基地へと向かうペンドラゴン。
放棄され無人と化したその基地には、再生怪獣サラマンドラ、満月超獣ルナチクス、
円盤生物ノーバ、が待ち受けていた！さらに、ペンドラゴンを海に落とした４機の
円盤編隊が飛来、大乱戦の火蓋が切って落とされた！

キングジョーブラックの猛攻は、ゴモラ、エレキング、リトラ、の３大怪獣を圧倒！！
ヴィンセント島への撤退を余儀なくされたレイは、生存者の少女カレンと出会う。
彼女こそ、廃墟に落ちていたペンダントの中の写真に写っていた少女だった。
カレンはレイたちに不思議な赤ん坊との出会いについて語る。
そんなとき、ミサイル超獣ベロクロンと蛾超獣ドラゴリーがヴィンセント島に上陸してくる。
レイは、ゴモラとエレキングで迎え撃つ。だが、カレンが重要な事実をまだ語っていなかった...

カレンの導きによって、レイは石の巨人=ウルトラマンと対面。
なかば石化しながらもウルトラマンは生存者たちを護るため、ヴィンセント島に怪獣を
寄せ付けない結界を張っていたのだ。だが、その効力は薄れ、彼の命も消えようとしていた...
レイはウルトラマンからのかすかなメッセージを受け取る。
「怪獣から人間を守り、惑星から脱出しろ。それが最期の願いだ」と。
そのとき、宇宙恐竜ゼットンが出現！ケイトが操る最強の怪獣だ。
最大級の大怪獣バトルがついに始まった！
そんな中、ようやく惑星ボリスにたどりついたＺＡＰ SPACYの救援艦隊。
喜びに沸く一同だが、その艦隊に接近する黒い機影...
さらに予想もつかない危機が迫っていた！

宇宙恐竜ゼットンとの対戦で、力つきてしまったレイ。
ケイトが告げる衝撃の事実の数々...
ウルトラマンを岩の中に封じ込めてしまったのは、かつて宇宙に君臨した「レイブラッド星人」の力だった。
レイはレイブラッド星人の遺伝子を受け継ぎ、怪獣を操って闘い続ける宿命を背負った
「レイオニクス」と呼ばれる能力者のひとりだったのだ。
自らの出生の秘密を知り、ひとり苦悩するレイ。
そして、救援部隊を全滅させたキングジョーブラックの攻撃で、惑星ボリスの人工太陽が
大気圏に向かって落下を始めていた。人口太陽の爆発は地上のあらゆるものを焼き尽くしてしまう...。
刻一刻とせまる、惑星脱出までのタイムリミット。
懸命に宇宙船の修理に取り組むペンドラゴンのクルーと生存者たち。
そんななか、レイはゴモラとともに、ケイトのゼットンとの最終決戦に臨む！
ついに幕を開ける、真の「レイオニクスバトル」！
レイは宿命を乗り越えて、かけがえのない仲間たちを救うことはできるのか？